Preliminary modules support for Adapter. TEOS10 module.

actions/actioninfo.h

@@ -24,6 +24,11 @@ MString ActionInfo_DoAction(const CLArgs& args, D& data)
   ad = std::move(ret.Value());
  }
 
+ { // Modules
+  auto ret = CF::TEOS10Module(args, pars, ad);
+  if(!ret) return "Error adding TEOS-10 derived variables";
+ }
+
  const MString titCol   = F(C::BWHITE);
  const MString timeCol  = F(C::YELLOW);
  const MString v2dCol   = F(C::BGREEN);
@@ -32,6 +37,7 @@ MString ActionInfo_DoAction(const CLArgs& args, D& data)
  const MString usedCol  = F(C::BMAGENTA);
  const MString depthCol = F(C::YELLOW);
  const MString horCol   = F(C::YELLOW);
+ const MString comCol   = F(C::BYELLOW);
 
  // Header
  message(titCol, ad.Title(), C());
@@ -64,9 +70,10 @@ MString ActionInfo_DoAction(const CLArgs& args, D& data)
   message("");
 
   // Metainfo
-  message(ad.Is2D(name) ? v2dCol : v3dCol, name, C(), info.lname.Exist() ? (" - " + info.lname) : "",
-          info.targetunit.Exist() ? (", measured in " + unitCol + info.targetunit + C()) : "");
-  if(info.stname.Exist()) message(" Standard name: " + info.stname);
+  message(ad.Is2D(name) ? v2dCol : v3dCol, name, C(), info->lname.Exist() ? (" - " + info->lname) : "",
+          info->targetunit.Exist() ? (", measured in " + unitCol + info->targetunit + C()) : "");
+  if(info->comment.Exist()) message(comCol," ", info->comment, C());
+  if(info->stname.Exist()) message(" Standard name: " + info->stname);
 
   // Vertical grid description
   if(!ad.Is2D(name))

actions/actiontsc.h

@@ -29,6 +29,11 @@ MString ActionTSC_DoAction(const CLArgs& args, D& ds)
   ad = std::move(ret.Value());
  }
 
+ { // Modules
+  auto ret = CF::TEOS10Module(args, pars, ad);
+  if(!ret) return "Error adding TEOS-10 derived variables";
+ }
+
  MString name      = args.contains("out") ? args.at("out") : "out.nc";
  int     compress  = args.contains("compress") ? args.at("compress").ToInt() : 3;
  bool    obfuscate = args.contains("obfuscate");

doc.txt

@@ -74,12 +74,13 @@ COPERNICUS - источник для зеркалирования данных
  filter - регулярное выражение, определяющее имена файлов для зеркалирования. По умолчанию - ".*". Только для действия mirror.
  Следующие параметры влияют на выбор подмножества данных и работают для действий tsc и info.
  lonb, lone, latb, late - регион, для которого берутся данные. В случае отсутствия используются минимумы/максимумы из данных.
- layer, layers, depth, depths - выбор горизонта/горизонтов. Если отсутствуют все эти параметры, используется слой с нулевым номером (приповерхностный). Если присутствуют два или более параметра, то использует параметр с большим приоритетом. layer > depth > layers > depths.
-  layer - номер горизонта, ноль соответствует поверхности,
-  layers - номер горизонта или диапазон горизонтов через двоеточие или слово ALL (all) для выбора всех горизонтов,
-  depth - глубина, выбирается горизонт, ближайший к этой глубине,
-  depths - глубина или диапазон глубин, разделённых двоеточием, горизонты выбираются так же, как и для параметра depth.
+ layer, layers, depth, depths - выбор горизонта/горизонтов. Если отсутствуют все эти параметры, используется слой с нулевым номером (приповерхностный). Если присутствуют два или более параметра, то использует параметр с большим приоритетом (layers > layer > depths > depth).
+  layer, layers - номер горизонта (ноль соответствует поверхности) или диапазон горизонтов через двоеточие или слово ALL (all) для выбора всех горизонтов.
+  depth, depths - глубина или диапазон глубин, разделённых двоеточием, или слово ALL (all). Горизонты выбираются ближайшие к заданным глубинам.
  time, timeb, timee, timefilt - параметры, управляющие выбором моментов времени. Использовать можно либо time, либо тройку timeb, timee, timefilt.
   time - фиксированое время, регулярное выражение или одно из значений BEGIN, BEG, FIRST (соответствуют минимальному времени, для которого доступны данные) или END, LAST (соответствуют максимальному времени, для которого доступны данные). В случае фиксированого времени, выбирается ближайшее доступное время. Если time регулярное выражение, то это синоним timefilt.
   timeb, timee, timefilt - выбираются времена в интервале timeb : timee, удовлетворяющие регулярному выражению timefilt. Если timefilt отсутствует, используются все времена в интервале. По умолчанию timeb=BEG, timee=END.
  var, vars - синонимы, var имеет больший приоритет. Список переменных, разделённых запятыми. Базовый список можно посмотреть в выводе действия info.
+ Технические параметры.
+ chunkcachetimeout - время устаревания чанка в кэше в секундах. По умолчанию - 3600.
+ geochunked - если этот флаг присутствует, будут использоваться geochunked версия данных, а не timechunked.

include/Adapter.h

@@ -24,28 +24,40 @@ class Adapter
  };
 
  // Информация о переменной
- struct VInfo
+ struct VInfoBase
  {
-  MString                          name;                         // Внутреннее имя в файле
-  MString                          unit, stname, lname, comment; // Единица измерения в файле, стандартное имя, человеческое имя, комментарий
-  MString                          targetunit;                   // Единица измерения прочитанных данных
-  std::shared_ptr<struct ReadInfo> rinfo;                        // Информация о блоке чтения
-  real                             scale;                        // Масштаб и
-  real                             offset;                       // смещение величины в файле
-  real                             fillval;                      // _FillVal
+  MString                          stname, lname, comment; // Стандартное имя, человеческое имя, комментарий
+  MString                          targetunit;             // Единица измерения прочитанных данных
+  std::shared_ptr<struct ReadInfo> rinfo;                  // Информация о блоке чтения
+  real                             fillval;                // _FillVal
+
+  virtual ~VInfoBase() = default;
+ };
+
+ using VInfo = std::unique_ptr<VInfoBase>;
+
+ // Информация о переменной в файле
+ struct VInfoNC: public VInfoBase
+ {
+  MString name;   // Внутреннее имя в файле
+  MString unit;   // Единица измерения в файле
+  real    scale;  // Масштаб и
+  real    offset; // смещение величины в файле
+
+  virtual ~VInfoNC() override = default;
  };
 
  // Полная информация о переменной
  struct VarInfo
  {
-  struct VInfo info; // Информация о переменной в файле
+  VInfo info; // Информация о переменной для функций чтения и записи
 
   std::shared_ptr<Projection> proj; // Горизонтальная структура прочитанных данных
   std::shared_ptr<Vertical>   vert; // Вертикальная структура прочитанных данных
 
   // Функции чтения двумерного и трёхмерного блоков
-  std::function<RetVal<std::shared_ptr<Data2D>>(const Adapter&, const void*, std::shared_ptr<Projection>, size_t)>                            Read2D; // = Def2DReader;
-  std::function<RetVal<std::shared_ptr<Data3D>>(const Adapter&, const void*, std::shared_ptr<Projection>, std::shared_ptr<Vertical>, size_t)> Read3D; // = Def3DReader;
+  std::function<RetVal<std::shared_ptr<Data2D>>(Adapter&, const struct VInfoBase*, std::shared_ptr<Projection>, size_t)>                            Read2D; // = Def2DReader;
+  std::function<RetVal<std::shared_ptr<Data3D>>(Adapter&, const struct VInfoBase*, std::shared_ptr<Projection>, std::shared_ptr<Vertical>, size_t)> Read3D; // = Def3DReader;
  };
 
  // Запись в таблице файлов
@@ -86,14 +98,19 @@ class Adapter
 
  void SetTitle(const MString& t) { title = t; }
 
- void Add2DVariable(const MString& name, struct VInfo&& vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, decltype(VarInfo().Read2D) func = Def2DReader)
+ bool Add2DVariable(const MString& name, std::unique_ptr<VInfoBase>&& vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, decltype(VarInfo().Read2D) func = Def2DReader)
  {
+  if(vars.contains(name)) return false;
   vars[name] = {.info = std::move(vinfo), .proj = proj, .Read2D = func, .Read3D = {}};
+  return true;
  }
 
- void Add3DVariable(const MString& name, struct VInfo&& vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, decltype(VarInfo().Read3D) func = Def3DReader)
+ bool Add3DVariable(const MString& name, std::unique_ptr<VInfoBase>&& vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert,
+                    decltype(VarInfo().Read3D) func = Def3DReader)
  {
+  if(vars.contains(name)) return false;
   vars[name] = {.info = std::move(vinfo), .proj = proj, .vert = vert, .Read2D = {}, .Read3D = func};
+  return true;
  }
 
  void CleanVariables(const std::set<MString>& keep)
@@ -107,6 +124,9 @@ class Adapter
  const auto& Title() const { return title; }
  const auto& Var(const MString& name) const { return vars.at(name); }
 
+ // Для вызова внутри внешних функций чтения
+ size_t CurrentTime() const { return curtime; }
+
  std::vector<MDateTime> IndexedTimes() const
  {
   std::vector<MDateTime> out(tindexes.size());
@@ -121,9 +141,9 @@ class Adapter
 
  private:
  // Функция чтения двумерных данных по умолчанию
- static RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Def2DReader(const Adapter& ad, const void* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, size_t it);
+ static RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Def2DReader(const Adapter& ad, const struct VInfoBase* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, size_t it);
  // Функция чтения трёхмерных данных по умолчанию
- static RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> Def3DReader(const Adapter& ad, const void* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it);
+ static RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> Def3DReader(const Adapter& ad, const struct VInfoBase* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it);
 
  // Создание индексов tindexes сообразно параметрам командной строки
  Error FilterTimes(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListEx& pars);
@@ -134,7 +154,7 @@ class Adapter
  std::map<MString, VarInfo> vars;      // Переменные, которые можно читать
  ZarrMethod                 method;    // Метод доступа к данным файла
  std::vector<TimeRow>       timetable; // Таблица файлов, каждый файл содержит даннные для соответствующего временного интервала
- size_t                     curtime;   // Номер текущей записи в таблице
+ size_t                     curtime;   // Текущее время, для которого работает кэш
  size_t                     curit;     // Смещение текущего времени в текущем файле
  std::vector<MDateTime>     times;     // Моменты времени, для которых доступны данные
  std::vector<size_t>        tindexes;  // Индексы в times, для которых запрашиваются данные

include/CF.h

@@ -11,6 +11,23 @@ class CF
   uint    tdims = 0, zdims = 0, ydims = 0, xdims = 0;
  };
 
+ struct VInfoTEOS10: public Adapter::VInfoBase
+ {
+  enum Operation
+  {
+   TEMP2PTEMP,
+   PTEMP2TEMP,
+   TEMP2PDENS,
+   PTEMP2PDENS,
+   TEMP2SSPEED,
+   PTEMP2SSPEED
+  };
+  MString   tempvar, salvar;
+  Operation op;
+
+  virtual ~VInfoTEOS10() override = default;
+ };
+
  // Get time variable name
  static MString GetTVarName(const NCZarr& nc);
 
@@ -76,5 +93,7 @@ class CF
   return "";
  }
 
- //static RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> PTemp3DReader(const Adapter& ad, const void* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it);
+ static RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> TEOS103DReader(Adapter& ad, const Adapter::VInfoBase* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it);
+
+ static Error TEOS10Module(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListEx& pars, Adapter& ad);
 };

include/zarr.h

@@ -36,7 +36,7 @@ class ZarrTypes: public NcZarrTypes
           [](size_t N, const size_t* st, const size_t* cn, const size_t* cs)
           {
            Vec out(N);
-           for(size_t i = 0; i < N; i++) out[i] = (st[i] + cn[i]) / cs[i] - st[i] / cs[i] + 1;
+           for(size_t i = 0; i < N; i++) out[i] = (st[i] + cn[i] - 1) / cs[i] - st[i] / cs[i] + 1;
            return out;
           }(N, start, count, csize)),
       inchunkind(Vec(csize, csize + N)),
@@ -96,6 +96,8 @@ class ZarrFunctions: public ZarrTypes
  MString                       url;
  MString                       proxyurl;
 
+ static size_t chunkcachetimeout;
+
  std::vector<std::vector<size_t>> chunks;
 
  // Find variable names in metadata
@@ -173,6 +175,9 @@ class ZarrFunctions: public ZarrTypes
 
  public:
  Error Open(const MString& product, const MString& dataset, bool time = true);
+
+ static size_t ChunkCacheTimeout() { return chunkcachetimeout; }
+ static void   SetChunkCacheTimeout(size_t newtimeout) { chunkcachetimeout = newtimeout; }
 };
 
 using Zarr = NcZarrRead<ZarrFunctions>;

sources/COPERNICUS.cpp

@@ -242,6 +242,9 @@ RetVal<Adapter> COPERNICUSData::GetAdapter(const CLArgs& args, michlib_internal:
 
  bool debug = args.contains("debug");
 
+ if(args.contains("chunkcachetimeout")) ZarrFunctions::SetChunkCacheTimeout(args.at("chunkcachetimeout").ToInteger<size_t>());
+ if(debug) pars.SetParameter("chunkcachetimeout", ZarrFunctions::ChunkCacheTimeout());
+
  Adapter out(Adapter::ZarrMethod::MZARR);
 
  GPL.UsePrefix("NEMO");
@@ -250,6 +253,7 @@ RetVal<Adapter> COPERNICUSData::GetAdapter(const CLArgs& args, michlib_internal:
  MString              product;
  std::vector<MString> dset;
  MString              dataset;
+ bool                 timechunked = args.contains("geochunked") ? false : true;
  {
   if(args.contains("product")) // Get product and dataset from command line
   {
@@ -307,7 +311,7 @@ RetVal<Adapter> COPERNICUSData::GetAdapter(const CLArgs& args, michlib_internal:
  // Open data
  std::unique_ptr<NCZarr> pnc(new NCZarr);
  {
-  auto ret = pnc->OpenMultiZarr(product, dset);
+  auto ret = pnc->OpenMultiZarr(product, dset, timechunked);
   if(!ret) return ret.Add(pref, "Can't open dataset " + dataset);
  }
 
@@ -325,6 +329,7 @@ RetVal<Adapter> COPERNICUSData::GetAdapter(const CLArgs& args, michlib_internal:
  // Filename for adapter
  MString fname = product + ":" + dset[0];
  for(size_t i = 1; i < dset.size(); i++) fname += "," + dset[i];
+ if(!timechunked) fname += ":false";
 
  auto tvar = CF::GetTVarName(*pnc);
  if(!tvar.Exist()) return {pref, "Can't find time variable in the dataset " + dataset};

src/Adapter.cpp

@@ -84,11 +84,12 @@ Error Adapter::FilterTimes(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListEx
  return {};
 }
 
-RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Adapter::Def2DReader(const Adapter& ad, const void* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, size_t it)
+RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Adapter::Def2DReader(const Adapter& ad, const struct Adapter::VInfoBase* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, size_t it)
 {
  static const MString pref = "Adapter::Def2DReader";
 
- auto v = michlib::pointer_cast<const struct VInfo*>(vinfo);
+ auto v = dynamic_cast<const struct VInfoNC*>(vinfo);
+ if(v == nullptr) return {pref, "Incorrect argument type"};
 
  const struct ReadInfo* ri = v->rinfo.get();
 
@@ -125,15 +126,15 @@ RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Adapter::Def2DReader(const Adapter& ad, const vo
  {
   size_t nx = ad.nc->DimSize(v->name, ri->xdname);
   {
-   xreq = ri->xdname + ":" + ri->xb + ":" + (nx - ri->xb + 1);
+   xreq = ri->xdname + ":" + ri->xb + ":" + (nx - ri->xb);
 
    auto ret = needsconvert ? ad.nc->Read(v->name, data, cnvtrans, req()) : ad.nc->Read(v->name, data, trans, req());
    if(!ret) return ret.Add(pref, "Can't read variable " + v->name);
   }
   {
-   size_t shift       = nx - ri->xb + 1;
+   size_t shift       = nx - ri->xb;
    auto   shifteddata = [pdata = out.get(), shift](size_t ix, size_t iy) -> real& { return (*pdata)(ix + shift, iy); };
-   xreq               = ri->xdname + ":0:" + (ri->xe - 1);
+   xreq               = ri->xdname + ":0:" + (ri->xe + 1);
 
    auto ret = needsconvert ? ad.nc->Read(v->name, shifteddata, cnvtrans, req()) : ad.nc->Read(v->name, shifteddata, trans, req());
    if(!ret) return ret.Add(pref, "Can't read variable " + v->name);
@@ -142,11 +143,13 @@ RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Adapter::Def2DReader(const Adapter& ad, const vo
  return out;
 }
 
-RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> Adapter::Def3DReader(const Adapter& ad, const void* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it)
+RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> Adapter::Def3DReader(const Adapter& ad, const struct Adapter::VInfoBase* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert,
+                                                     size_t it)
 {
  static const MString pref = "Adapter::Def3DReader";
 
- auto v = michlib::pointer_cast<const struct VInfo*>(vinfo);
+ auto v = dynamic_cast<const struct VInfoNC*>(vinfo);
+ if(v == nullptr) return {pref, "Incorrect argument type"};
 
  const struct ReadInfo* ri = v->rinfo.get();
 
@@ -187,16 +190,16 @@ RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> Adapter::Def3DReader(const Adapter& ad, const vo
  {
   size_t nx = ad.nc->DimSize(v->name, ri->xdname);
   {
-   xreq = ri->xdname + ":" + ri->xb + ":" + (nx - ri->xb + 1);
+   xreq = ri->xdname + ":" + ri->xb + ":" + (nx - ri->xb);
 
    auto ret = needsconvert ? ad.nc->Read(v->name, data, cnvtrans, req()) : ad.nc->Read(v->name, data, trans, req());
    if(!ret) return ret.Add(pref, "Can't read variable " + v->name);
   }
   {
-   size_t shift         = nx - ri->xb + 1;
+   size_t shift         = nx - ri->xb;
    auto   shifteddata   = [pdata = out.get(), shift, invertz](size_t ix, size_t iy, size_t iz) -> real& { return (*pdata)(ix + shift, iy, invertz ? (pdata->Nz() - iz - 1) : iz); };
    auto   shifteddata2D = [pdata = out.get(), shift](size_t ix, size_t iy) -> real& { return (*pdata)(ix + shift, iy, 0); };
-   xreq                 = ri->xdname + ":0:" + (ri->xe - 1);
+   xreq                 = ri->xdname + ":0:" + (ri->xe + 1);
 
    auto ret = needsconvert ? (onez ? ad.nc->Read(v->name, shifteddata2D, cnvtrans, req()) : ad.nc->Read(v->name, shifteddata, cnvtrans, req()))
                            : (onez ? ad.nc->Read(v->name, shifteddata2D, trans, req()) : ad.nc->Read(v->name, shifteddata, trans, req()));
@@ -269,39 +272,43 @@ Error Adapter::ReadCheck(const MString& var, size_t it)
  }
 
  {
-  const auto& v    = vars[var];
-  const auto* ri   = v.info.rinfo.get();
-  const auto& name = v.info.name;
+  const auto& v        = vars[var];
+  const auto* ri       = v.info->rinfo.get();
+  const auto* pvinfo   = dynamic_cast<const struct VInfoNC*>(v.info.get());
+  const bool  isdirect = pvinfo != nullptr; // Variable is directly reading from file, so check indexes and dimensions
 
-  const bool layered = ri->zdname.Exist() && nc->HasDim(name, ri->zdname);
-
-  if(layered)
+  if(isdirect)
   {
-   //if(ri->ze < ri->zb) return {pref, "Internal error: ze < zb for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ze + " < " + ri->zb + ")"};
-   const size_t nz = nc->DimSize(name, ri->zdname);
-   if(ri->zb > nz - 1) return {pref, "Internal error: zb > nz - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->zb + " > " + nz + " - 1)"};
-   if(ri->ze > nz - 1) return {pref, "Internal error: ze > nz - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ze + " > " + nz + " - 1)"};
-   if(v.vert && (ri->zb < ri->ze ? ri->ze - ri->zb : ri->zb - ri->ze) + 1 != v.vert->Nz())
-    return {pref, "Internal error: number of requested layers does'nt correspond parameters of vertical column for variable " + var + "(" + name + ")" + " (zb = " + ri->zb +
-                      ", ze = " + ri->ze + ", Nz = " + v.vert->Nz()};
+   const auto& name    = pvinfo->name;
+   const bool  layered = ri->zdname.Exist() && nc->HasDim(name, ri->zdname);
+   if(layered)
+   {
+    //if(ri->ze < ri->zb) return {pref, "Internal error: ze < zb for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ze + " < " + ri->zb + ")"};
+    const size_t nz = nc->DimSize(name, ri->zdname);
+    if(ri->zb > nz - 1) return {pref, "Internal error: zb > nz - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->zb + " > " + nz + " - 1)"};
+    if(ri->ze > nz - 1) return {pref, "Internal error: ze > nz - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ze + " > " + nz + " - 1)"};
+    if(v.vert && (ri->zb < ri->ze ? ri->ze - ri->zb : ri->zb - ri->ze) + 1 != v.vert->Nz())
+     return {pref, "Internal error: number of requested layers does'nt correspond parameters of vertical column for variable " + var + "(" + name + ")" + " (zb = " + ri->zb +
+                       ", ze = " + ri->ze + ", Nz = " + v.vert->Nz()};
+   }
+
+   if(ri->ye < ri->yb) return {pref, "Internal error: ye < yb for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ye + " < " + ri->yb + ")"};
+   const size_t nx = nc->DimSize(name, ri->xdname);
+   const size_t ny = nc->DimSize(name, ri->ydname);
+
+   if(ri->ye > ny - 1) return {pref, "Internal error: ye > ny - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ye + " > " + ny + " - 1)"};
+   if(ri->ye - ri->yb + 1 != v.proj->Ny())
+    return {pref, "Internal error: number of requested y-planes does'nt correspond parameters of projection for variable " + var + "(" + name + ")" + " (yb = " + ri->yb +
+                      ", ye = " + ri->ye + ", Ny = " + v.proj->Ny()};
+
+   if(ri->xe > nx - 1) return {pref, "Internal error: xe > nx - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->xe + " > " + nx + " - 1)"};
+   if(ri->xb > nx - 1) return {pref, "Internal error: xb > nx - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->xb + " > " + nx + " - 1)"};
+
+   const size_t rnx = (ri->xb <= ri->xe) ? (ri->xe - ri->xb + 1) : (nx + ri->xe - ri->xb + 1);
+   if(rnx != v.proj->Nx())
+    return {pref, "Internal error: number of requested x-planes does'nt correspond parameters of projection for variable " + var + "(" + name + ")" + " (xb = " + ri->xb +
+                      ", xe = " + ri->xe + ", Nx = " + v.proj->Nx()};
   }
-
-  if(ri->ye < ri->yb) return {pref, "Internal error: ye < yb for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ye + " < " + ri->yb + ")"};
-  const size_t nx = nc->DimSize(name, ri->xdname);
-  const size_t ny = nc->DimSize(name, ri->ydname);
-
-  if(ri->ye > ny - 1) return {pref, "Internal error: ye > ny - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->ye + " > " + ny + " - 1)"};
-  if(ri->ye - ri->yb + 1 != v.proj->Ny())
-   return {pref, "Internal error: number of requested y-planes does'nt correspond parameters of projection for variable " + var + "(" + name + ")" + " (yb = " + ri->yb +
-                     ", ye = " + ri->ye + ", Ny = " + v.proj->Ny()};
-
-  if(ri->xe > nx - 1) return {pref, "Internal error: xe > nx - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->xe + " > " + nx + " - 1)"};
-  if(ri->xb > nx - 1) return {pref, "Internal error: xb > nx - 1 for variable " + var + "(" + name + ")" + " (" + ri->xb + " > " + nx + " - 1)"};
-
-  const size_t rnx = (ri->xb <= ri->xe) ? (ri->xe - ri->xb + 1) : (nx + ri->xe - ri->xb + 1);
-  if(rnx != v.proj->Nx())
-   return {pref, "Internal error: number of requested x-planes does'nt correspond parameters of projection for variable " + var + "(" + name + ")" + " (xb = " + ri->xb +
-                     ", xe = " + ri->xe + ", Nx = " + v.proj->Nx()};
  }
 
  return {};
@@ -328,7 +335,7 @@ RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> Adapter::Read2D(const MString& var, size_t it)
 
  if(!v.Read2D) return {pref, "No read function for the variable " + var};
 
- auto ret = v.Read2D(*this, &v.info, v.proj, curit);
+ auto ret = v.Read2D(*this, v.info.get(), v.proj, curit);
  if(!ret) return ret.Add(pref, "Can't read variable " + var);
  (*cache2D)[var] = ret.Value();
  return (*cache2D)[var];
@@ -356,7 +363,7 @@ RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> Adapter::Read3D(const MString& var, size_t it)
  if(!v.vert) return {pref, "Variable " + var + " is 2D in the this dataset"};
  if(!v.Read3D) return {pref, "No read function for the variable " + var};
 
- auto ret = v.Read3D(*this, &v.info, v.proj, v.vert, curit);
+ auto ret = v.Read3D(*this, v.info.get(), v.proj, v.vert, curit);
  if(!ret) return ret.Add(pref, "Can't read variable " + var);
  (*cache3D)[var] = ret.Value();
  return (*cache3D)[var];

src/CF.cpp

@@ -1,5 +1,6 @@
 #define MICHLIB_NOSOURCE
 #include "CF.h"
+#include "gsw.h"
 
 using michlib::DetGeoDomain;
 
@@ -285,48 +286,21 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
    rinfoplane->zb = rinfoplane->ze = rinfo->zb = rinfo->ze = depths.size() - 1;
   }
 
-  if(args.contains("layer") || args.contains("depth"))
-  {
-   size_t layer = 0;
-   if(args.contains("layer"))
-    layer = args.at("layer").ToInteger<size_t>();
-   else
-   {
-    auto d = args.at("depth").ToReal();
-    if(d < depths.front()) d = depths.front();
-    if(d > depths.back()) d = depths.back();
-
-    for(size_t i = 0; i < depths.size() - 1; i++)
-     if(d >= depths[i] && d <= depths[i + 1])
-     {
-      layer = (d - depths[i] <= depths[i + 1] - d) ? i : (i + 1);
-      break;
-     }
-    if(debug) pars.AddParameter("Requested depth", d);
-   }
-   if(layer > depths.size() - 1) return {pref, "Layer must be lesser then " + MString(depths.size())};
-   rinfoplane->zb = rinfoplane->ze = rinfo->zb = rinfo->ze = depthinv ? depths.size() - layer - 1 : layer;
-
-   vert.reset(new Vertical(Vertical::Create<Vertical::Type::FIXED>(depths[layer])));
-
-   pars.AddParameter("layer", layer);
-   pars.AddParameter("depth", depths[layer]);
-   if(debug) pars.AddParameter("zb", rinfo->zb);
-  }
-  else if(args.contains("layers") || args.contains("depths"))
+  if(args.contains("layer") || args.contains("depth") || args.contains("layers") || args.contains("depths"))
   {
    size_t layer1 = 0, layer2 = 0;
 
-   if(args.contains("layers"))
+   if(args.contains("layers") || args.contains("layer"))
    {
-    if(args.at("layers") == "ALL" || args.at("layers") == "all")
+    MString layerarg = args.contains("layers") ? args.at("layers") : args.at("layer");
+    if(layerarg == "ALL" || layerarg == "all")
     {
      layer1 = 0;
      layer2 = depths.size() - 1;
     }
     else
     {
-     auto layerstr = args.at("layers").Split(":");
+     auto layerstr = layerarg.Split(":");
 
      if(layerstr.size() > 2 || layerstr.size() == 0) return {pref, "Layers must have format layer1:layer2"};
      if(layerstr.size() == 1)
@@ -340,11 +314,18 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
    }
    else
    {
-    real d1 = 0.0, d2 = 0.0;
-    auto depthstr = args.at("depths").Split(":");
+    real    d1 = 0.0, d2 = 0.0;
+    MString deptharg = args.contains("depths") ? args.at("depths") : args.at("depth");
+    auto    depthstr = deptharg.Split(":");
     if(depthstr.size() > 2 || depthstr.size() == 0) return {pref, "Depths must have format depth1:depth2"};
     if(depthstr.size() == 1)
-     d1 = d2 = depthstr[0].ToReal();
+     if(depthstr[0] == "ALL" || depthstr[0] == "all")
+     {
+      d1 = depths.front();
+      d2 = depths.back();
+     }
+     else
+      d1 = d2 = depthstr[0].ToReal();
     else
     {
      d1 = depthstr[0].ToReal();
@@ -369,8 +350,13 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
      }
     if(debug)
     {
-     pars.AddParameter("Requested depth1", d1);
-     pars.AddParameter("Requested depth2", d2);
+     if(d1 == d2)
+      pars.AddParameter("Requested depth", d1);
+     else
+     {
+      pars.AddParameter("Requested depth1", d1);
+      pars.AddParameter("Requested depth2", d2);
+     }
     }
    }
 
@@ -381,10 +367,18 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
    rinfo->zb                       = depthinv ? depths.size() - layer1 - 1 : layer1;
    rinfo->ze                       = depthinv ? depths.size() - layer2 - 1 : layer2;
 
-   pars.AddParameter("layer1", layer1);
-   pars.AddParameter("depth1", depths[layer1]);
-   pars.AddParameter("layer2", layer2);
-   pars.AddParameter("depth2", depths[layer2]);
+   if(layer1 == layer2)
+   {
+    pars.AddParameter("layer", layer1);
+    pars.AddParameter("depth", depths[layer1]);
+   }
+   else
+   {
+    pars.AddParameter("layer1", layer1);
+    pars.AddParameter("depth1", depths[layer1]);
+    pars.AddParameter("layer2", layer2);
+    pars.AddParameter("depth2", depths[layer2]);
+   }
 
    if(debug)
    {
@@ -393,6 +387,9 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
    }
 
    // Create vertical projection
+   if(layer1 == layer2)
+    vert.reset(new Vertical(Vertical::Create<Vertical::Type::FIXED>(depths[layer1])));
+   else
    {
     decltype(depths) rdepths(depths.begin() + layer1, depths.begin() + layer2 + 1);
     vert.reset(new Vertical(Vertical::Create<Vertical::Type::HORIZONTS>(rdepths)));
@@ -409,32 +406,28 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
  }
  if(debug) pars.AddParameter("depthinv", depthinv);
 
- //michlib::message("depth1=", depths[depthinv ? depths.size() - 1 - rinfo->zb : rinfo->zb], ", zb=", rinfo->zb);
- //michlib::message("depth2=", depths[depthinv ? depths.size() - 1 - rinfo->ze : rinfo->ze], ", ze=", rinfo->ze);
- //michlib::message(depthinv ? "Depths inverted" : "Depths not inverted");
-
  // Read variables information
  for(const auto& v: pnc->VarNames())
  {
-  Adapter::VInfo vinfo;
-  auto           dnames = pnc->DimNames(v);
+  auto vinfo  = new Adapter::VInfoNC();
+  auto dnames = pnc->DimNames(v);
   if(dnames.size() != 3 && dnames.size() != 4) continue;
   if(dnames.size() == 3 && (dnames[0] != axisinfo.tdimname || dnames[1] != axisinfo.ydimname || dnames[2] != axisinfo.xdimname)) continue;
   if(dnames.size() == 4 && (dnames[0] != axisinfo.tdimname || dnames[1] != axisinfo.zdimname || dnames[2] != axisinfo.ydimname || dnames[3] != axisinfo.xdimname)) continue;
 
-  vinfo.name = v;
-  vinfo.unit = "1";
+  vinfo->name = v;
+  vinfo->unit = "1";
   if(dnames.size() == 4)
-   vinfo.rinfo = rinfo;
+   vinfo->rinfo = rinfo;
   else
-   vinfo.rinfo = rinfoplane;
-
-  if(pnc->HasAtt(v, "units")) vinfo.unit = pnc->AttString(v, "units");
-  if(pnc->HasAtt(v, "standard_name")) vinfo.stname = pnc->AttString(v, "standard_name");
-  if(pnc->HasAtt(v, "long_name")) vinfo.lname = pnc->AttString(v, "long_name");
-  vinfo.offset  = pnc->HasAtt(v, "add_offset") ? pnc->AttReal(v, "add_offset") : 0.0;
-  vinfo.scale   = pnc->HasAtt(v, "scale_factor") ? pnc->AttReal(v, "scale_factor") : 1.0;
-  vinfo.fillval = std::visit(
+   vinfo->rinfo = rinfoplane;
+
+  if(pnc->HasAtt(v, "units")) vinfo->unit = pnc->AttString(v, "units");
+  if(pnc->HasAtt(v, "standard_name")) vinfo->stname = pnc->AttString(v, "standard_name");
+  if(pnc->HasAtt(v, "long_name")) vinfo->lname = pnc->AttString(v, "long_name");
+  vinfo->offset  = pnc->HasAtt(v, "add_offset") ? pnc->AttReal(v, "add_offset") : 0.0;
+  vinfo->scale   = pnc->HasAtt(v, "scale_factor") ? pnc->AttReal(v, "scale_factor") : 1.0;
+  vinfo->fillval = std::visit(
       [](auto r) -> real
       {
        if constexpr(std::is_convertible_v<decltype(r), real>)
@@ -444,26 +437,268 @@ Error CF::FillAdapterFromCF(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListE
       },
       pnc->VarFill(v));
 
-  vinfo.targetunit = vinfo.unit;
-  if(vinfo.stname.SubStr(vinfo.stname.Len() - 7, 8) == "velocity") vinfo.targetunit = "cm/s";
+  vinfo->targetunit = vinfo->unit;
+  if(vinfo->stname.SubStr(vinfo->stname.Len() - 7, 8) == "velocity") vinfo->targetunit = "cm/s";
 
-  MString name = StName2Name(vinfo.stname).Exist() ? StName2Name(vinfo.stname) : v;
-  if(dnames.size() == 3) { ad.Add2DVariable(name, std::move(vinfo), proj); }
-  else { ad.Add3DVariable(name, std::move(vinfo), proj, vert); }
+  MString    name   = StName2Name(vinfo->stname).Exist() ? StName2Name(vinfo->stname) : v;
+  const bool addsuc = dnames.size() == 3 ? ad.Add2DVariable(name, Adapter::VInfo(vinfo), proj) : ad.Add3DVariable(name, Adapter::VInfo(vinfo), proj, vert);
+  if(!addsuc) return {pref, "Variable with name " + name + " already exist"};
  }
 
  return Error();
 }
 
-/*
-RetVal<std::shared_ptr<Data2D>> CF::PTemp3DReader(const Adapter& ad, const void* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it)
+RetVal<std::shared_ptr<Data3D>> CF::TEOS103DReader(Adapter& ad, const Adapter::VInfoBase* vinfo, std::shared_ptr<Projection> proj, std::shared_ptr<Vertical> vert, size_t it)
 {
- static const MString pref = "CF::PTemp3DReader";
-
- auto v = michlib::pointer_cast<const struct Adapter::VInfo*>(vinfo);
+ static const MString pref = "CF::TempSalDer3DReader";
 
- const struct Adapter::ReadInfo* ri = v->rinfo.get();
+ const auto* v = dynamic_cast<const struct VInfoTEOS10*>(vinfo);
+ if(v == nullptr) return {pref, "Incorrect argument type"};
 
  std::shared_ptr<Data3D> out(new Data3D(proj, vert, {.unit = v->targetunit, .stname = v->stname, .lname = v->lname, .comment = v->comment}));
+
+ std::shared_ptr<Data3D> temp, sal;
+ {
+  auto rettemp = ad.Read3D(v->tempvar, ad.CurrentTime());
+  if(!rettemp) return {pref, "Can't read temperature variable " + v->tempvar};
+  temp = rettemp.Value();
+ }
+ {
+  auto retsal = ad.Read3D(v->salvar, ad.CurrentTime());
+  if(!retsal) return {pref, "Can't read salinity variable " + v->salvar};
+  sal = retsal.Value();
+ }
+
+ if(temp->Nz() != sal->Nz()) return {pref, MString("For temperature variable Nz=") + temp->Nz() + ", for salinity variable Nz=" + sal->Nz()};
+ if(temp->Ny() != sal->Ny()) return {pref, MString("For temperature variable Ny=") + temp->Ny() + ", for salinity variable Ny=" + sal->Ny()};
+ if(temp->Nx() != sal->Nx()) return {pref, MString("For temperature variable Nx=") + temp->Nx() + ", for salinity variable Nx=" + sal->Nx()};
+
+ if(temp->Nz() != out->Nz()) return {pref, MString("For temperature variable Nz=") + temp->Nz() + ", for output variable Nz=" + out->Nz()};
+ if(temp->Ny() != out->Ny()) return {pref, MString("For temperature variable Ny=") + temp->Ny() + ", for output variable Ny=" + out->Ny()};
+ if(temp->Nx() != out->Nx()) return {pref, MString("For temperature variable Nx=") + temp->Nx() + ", for output variable Nx=" + out->Nx()};
+
+ switch(v->op)
+ {
+ case(VInfoTEOS10::TEMP2PTEMP):
+ {
+  for(size_t iz = 0; iz < out->Nz(); iz++)
+   for(size_t iy = 0; iy < out->Ny(); iy++)
+    for(size_t ix = 0; ix < out->Nx(); ix++)
+     (*out)(ix, iy, iz) = (temp->IsFill(ix, iy, iz) || sal->IsFill(ix, iy, iz))
+                              ? out->Fillval()
+                              : Temp2PTemp((*temp)(ix, iy, iz), (*sal)(ix, iy, iz), out->Depth(ix, iy, iz), out->Lon(ix, iy), out->Lat(ix, iy));
+  break;
+ }
+ case(VInfoTEOS10::PTEMP2TEMP):
+ {
+  for(size_t iz = 0; iz < out->Nz(); iz++)
+   for(size_t iy = 0; iy < out->Ny(); iy++)
+    for(size_t ix = 0; ix < out->Nx(); ix++)
+     (*out)(ix, iy, iz) = (temp->IsFill(ix, iy, iz) || sal->IsFill(ix, iy, iz))
+                              ? out->Fillval()
+                              : PTemp2Temp((*temp)(ix, iy, iz), (*sal)(ix, iy, iz), out->Depth(ix, iy, iz), out->Lon(ix, iy), out->Lat(ix, iy));
+  break;
+ }
+ case(VInfoTEOS10::TEMP2PDENS):
+ {
+  for(size_t iz = 0; iz < out->Nz(); iz++)
+   for(size_t iy = 0; iy < out->Ny(); iy++)
+    for(size_t ix = 0; ix < out->Nx(); ix++)
+     (*out)(ix, iy, iz) = (temp->IsFill(ix, iy, iz) || sal->IsFill(ix, iy, iz))
+                              ? out->Fillval()
+                              : Temp2PDens((*temp)(ix, iy, iz), (*sal)(ix, iy, iz), out->Depth(ix, iy, iz), out->Lon(ix, iy), out->Lat(ix, iy));
+  break;
+ }
+ case(VInfoTEOS10::PTEMP2PDENS):
+ {
+  for(size_t iz = 0; iz < out->Nz(); iz++)
+   for(size_t iy = 0; iy < out->Ny(); iy++)
+    for(size_t ix = 0; ix < out->Nx(); ix++)
+     (*out)(ix, iy, iz) = (temp->IsFill(ix, iy, iz) || sal->IsFill(ix, iy, iz))
+                              ? out->Fillval()
+                              : PTemp2PDens((*temp)(ix, iy, iz), (*sal)(ix, iy, iz), out->Depth(ix, iy, iz), out->Lon(ix, iy), out->Lat(ix, iy));
+  break;
+ }
+ case(VInfoTEOS10::TEMP2SSPEED):
+ {
+  for(size_t iz = 0; iz < out->Nz(); iz++)
+   for(size_t iy = 0; iy < out->Ny(); iy++)
+    for(size_t ix = 0; ix < out->Nx(); ix++)
+     (*out)(ix, iy, iz) = (temp->IsFill(ix, iy, iz) || sal->IsFill(ix, iy, iz))
+                              ? out->Fillval()
+                              : Temp2SSpeed((*temp)(ix, iy, iz), (*sal)(ix, iy, iz), out->Depth(ix, iy, iz), out->Lon(ix, iy), out->Lat(ix, iy));
+  break;
+ }
+ case(VInfoTEOS10::PTEMP2SSPEED):
+ {
+  for(size_t iz = 0; iz < out->Nz(); iz++)
+   for(size_t iy = 0; iy < out->Ny(); iy++)
+    for(size_t ix = 0; ix < out->Nx(); ix++)
+     (*out)(ix, iy, iz) = (temp->IsFill(ix, iy, iz) || sal->IsFill(ix, iy, iz))
+                              ? out->Fillval()
+                              : PTemp2SSpeed((*temp)(ix, iy, iz), (*sal)(ix, iy, iz), out->Depth(ix, iy, iz), out->Lon(ix, iy), out->Lat(ix, iy));
+  break;
+ }
+ }
+
+ return out;
+}
+
+Error CF::TEOS10Module(const CLArgs& args, michlib_internal::ParameterListEx& pars, Adapter& ad)
+{
+ static const MString pref = "TempSalDerModule";
+
+ MString sal, temp, ptemp;
+
+ for(const auto& v: ad.Vars())
+ {
+  if(!ad.Is3D(v.first)) continue;
+  const auto& info = v.second.info;
+
+  if(!sal.Exist() && info->stname == "sea_water_salinity") sal = v.first;
+  if(!temp.Exist() && info->stname == "sea_water_temperature") temp = v.first;
+  if(!ptemp.Exist() && info->stname == "sea_water_potential_temperature") ptemp = v.first;
+ }
+
+ // From potential temperature and salinity
+ if(sal.Exist() && ptemp.Exist())
+ {
+  const auto& tvar  = ad.Vars().at(ptemp);
+  const auto& svar  = ad.Vars().at(sal);
+  const auto& tproj = tvar.proj;
+  const auto& sproj = svar.proj;
+  const auto& tvert = tvar.vert;
+  const auto& svert = svar.vert;
+  const auto& tfill = tvar.info->fillval;
+  const auto& rinfo = tvar.info->rinfo;
+
+  if(sproj != tproj) return Error(pref, "Salinity variable " + sal + " and potential temperature variable " + ptemp + " have different horizontal grids");
+  if(svert != tvert) return Error(pref, "Salinity variable " + sal + " and potential temperature variable " + ptemp + " have different vertical grids");
+
+  { // Temperature
+   auto vinfo = new VInfoTEOS10();
+
+   vinfo->tempvar = ptemp;
+   vinfo->salvar  = sal;
+   vinfo->op      = VInfoTEOS10::PTEMP2TEMP;
+
+   vinfo->stname     = "sea_water_temperature";
+   vinfo->lname      = "Temperature";
+   vinfo->comment    = "Module TEOS-10: Temperature calculated from potential temperature (" + ptemp + ") and salinity (" + sal + ")";
+   vinfo->targetunit = "degrees_C";
+   vinfo->rinfo      = rinfo;
+   vinfo->fillval    = tfill;
+
+   const bool addsuc = ad.Add3DVariable("temp", Adapter::VInfo(vinfo), tproj, tvert, TEOS103DReader);
+   if(!addsuc) return {pref, "Variable with name temp already exist"};
+  }
+
+  { // Potential density
+   auto vinfo = new VInfoTEOS10();
+
+   vinfo->tempvar = ptemp;
+   vinfo->salvar  = sal;
+   vinfo->op      = VInfoTEOS10::PTEMP2PDENS;
+
+   vinfo->stname     = "sea_water_sigma_theta";
+   vinfo->lname      = "Potential density minus 1000 kg m-3";
+   vinfo->comment    = "Module TEOS-10: Potential density calculated from potential temperature (" + ptemp + ") and salinity (" + sal + ")";
+   vinfo->targetunit = "kg m-3";
+   vinfo->rinfo      = rinfo;
+   vinfo->fillval    = NAN;
+
+   const bool addsuc = ad.Add3DVariable("pdens", Adapter::VInfo(vinfo), tproj, tvert, TEOS103DReader);
+   if(!addsuc) return {pref, "Variable with name pdens already exist"};
+  }
+
+  { // Sound speed
+   auto vinfo = new VInfoTEOS10();
+
+   vinfo->tempvar = ptemp;
+   vinfo->salvar  = sal;
+   vinfo->op      = VInfoTEOS10::PTEMP2SSPEED;
+
+   vinfo->stname     = "speed_of_sound_in_sea_water";
+   vinfo->lname      = "Sound speed";
+   vinfo->comment    = "Module TEOS-10: Sound speed calculated from potential temperature (" + ptemp + ") and salinity (" + sal + ")";
+   vinfo->targetunit = "m s-1";
+   vinfo->rinfo      = rinfo;
+   vinfo->fillval    = NAN;
+
+   const bool addsuc = ad.Add3DVariable("sspeed", Adapter::VInfo(vinfo), tproj, tvert, TEOS103DReader);
+   if(!addsuc) return {pref, "Variable with name sspeed already exist"};
+  }
+ }
+
+ // From temperature and salinity
+ if(sal.Exist() && temp.Exist())
+ {
+  const auto& tvar  = ad.Vars().at(temp);
+  const auto& svar  = ad.Vars().at(sal);
+  const auto& tproj = tvar.proj;
+  const auto& sproj = svar.proj;
+  const auto& tvert = tvar.vert;
+  const auto& svert = svar.vert;
+  const auto& tfill = tvar.info->fillval;
+  const auto& rinfo = tvar.info->rinfo;
+
+  if(sproj != tproj) return Error(pref, "Salinity variable " + sal + " and temperature variable " + temp + " have different horizontal grids");
+  if(svert != tvert) return Error(pref, "Salinity variable " + sal + " and temperature variable " + temp + " have different vertical grids");
+
+  { // Potential temperature
+   auto vinfo = new VInfoTEOS10();
+
+   vinfo->tempvar = temp;
+   vinfo->salvar  = sal;
+   vinfo->op      = VInfoTEOS10::TEMP2PTEMP;
+
+   vinfo->stname     = "sea_water_potential_temperature";
+   vinfo->lname      = "Potential temperature";
+   vinfo->comment    = "Module TEOS-10: Potential temperature calculated from temperature (" + temp + ") and salinity (" + sal + ")";
+   vinfo->targetunit = "degrees_C";
+   vinfo->rinfo      = rinfo;
+   vinfo->fillval    = tfill;
+
+   const bool addsuc = ad.Add3DVariable("ptemp", Adapter::VInfo(vinfo), tproj, tvert, TEOS103DReader);
+   if(!addsuc) return {pref, "Variable with name ptemp already exist"};
+  }
+
+  { // Potential density
+   auto vinfo = new VInfoTEOS10();
+
+   vinfo->tempvar = temp;
+   vinfo->salvar  = sal;
+   vinfo->op      = VInfoTEOS10::TEMP2PDENS;
+
+   vinfo->stname     = "sea_water_sigma_theta";
+   vinfo->lname      = "Potential density minus 1000 kg m-3";
+   vinfo->comment    = "Module TEOS-10: Potential density calculated from temperature (" + temp + ") and salinity (" + sal + ")";
+   vinfo->targetunit = "kg m-3";
+   vinfo->rinfo      = rinfo;
+   vinfo->fillval    = NAN;
+
+   const bool addsuc = ad.Add3DVariable("pdens", Adapter::VInfo(vinfo), tproj, tvert, TEOS103DReader);
+   if(!addsuc) return {pref, "Variable with name pdens already exist"};
+  }
+
+  { // Sound speed
+   auto vinfo = new VInfoTEOS10();
+
+   vinfo->tempvar = temp;
+   vinfo->salvar  = sal;
+   vinfo->op      = VInfoTEOS10::TEMP2SSPEED;
+
+   vinfo->stname     = "speed_of_sound_in_sea_water";
+   vinfo->lname      = "Sound speed";
+   vinfo->comment    = "Module TEOS-10: Sound speed calculated from temperature (" + temp + ") and salinity (" + sal + ")";
+   vinfo->targetunit = "m s-1";
+   vinfo->rinfo      = rinfo;
+   vinfo->fillval    = NAN;
+
+   const bool addsuc = ad.Add3DVariable("sspeed", Adapter::VInfo(vinfo), tproj, tvert, TEOS103DReader);
+   if(!addsuc) return {pref, "Variable with name sspeed already exist"};
+  }
+ }
+
+ return {};
 }
-*/

src/ncfilew.cpp

@@ -214,17 +214,17 @@ michlib::Error NCFileW::Create(const MString& name, const Adapter& ad, const mic
   bool is2D = v.second.Read2D ? true : false;
   bool is3D = v.second.Read3D ? true : false;
 
-  const auto& vname   = v.first;                     // Variable name
-  const auto& proj    = *v.second.proj;              // Horizontal projection
-  const auto& vert    = *v.second.vert;              // Vertical projection
-  const auto& units   = v.second.info.targetunit;    // Unit
-  const auto& stname  = v.second.info.stname;        // Standard name
-  const auto& lname   = v.second.info.lname;         // Long name
-  const auto& comment = v.second.info.comment;       // Comment
-  const auto& xdname  = v.second.info.rinfo->xdname; // X-dimension name
-  const auto& ydname  = v.second.info.rinfo->ydname; // Y-dimension name
-  const auto& zdname  = v.second.info.rinfo->zdname; // Z-dimension name
-  const auto& fillval = v.second.info.fillval;       // _FillValue
+  const auto& vname   = v.first;                      // Variable name
+  const auto& proj    = *v.second.proj;               // Horizontal projection
+  const auto& vert    = *v.second.vert;               // Vertical projection
+  const auto& units   = v.second.info->targetunit;    // Unit
+  const auto& stname  = v.second.info->stname;        // Standard name
+  const auto& lname   = v.second.info->lname;         // Long name
+  const auto& comment = v.second.info->comment;       // Comment
+  const auto& xdname  = v.second.info->rinfo->xdname; // X-dimension name
+  const auto& ydname  = v.second.info->rinfo->ydname; // Y-dimension name
+  const auto& zdname  = v.second.info->rinfo->zdname; // Z-dimension name
+  const auto& fillval = v.second.info->fillval;       // _FillValue
 
   if((is2D && is3D) || (!is2D && !is3D)) return {pref, "Can't determine type of variable " + vname};
 

src/zarr.cpp

@@ -3,6 +3,8 @@
 #include "copcat.h"
 #include <blosc.h>
 
+size_t ZarrFunctions::chunkcachetimeout = 3600;
+
 std::vector<MString> ZarrFunctions::ReadVarNames(const Json::Value& meta)
 {
  std::vector<MString> out;
@@ -179,7 +181,7 @@ Error ZarrFunctions::GetChunk(const MString& var, const std::vector<size_t>& chu
   //curl_easy_getinfo(chandle, CURLINFO_RESPONSE_CODE, &respcode);
   curl_easy_getinfo(myhandle, CURLINFO_RESPONSE_CODE, &respcode);
   if(respcode == 403) out = ""; // Failed chunk download mean that this chunk contains only fill
-  cache->Put(str, out, 3600);
+  cache->Put(str, out, chunkcachetimeout);
   content = std::move(out);
  }